La historia se sitúa en el planeta Tierra, en un futuro distante y distópico donde las personas construyen sus hogares y hacen su vida en aldeas subterráneas. A causa de esto viven en miedo constante por los ocasionales terremotos y derrumbes, que vienen sucediendo desde hace ya cientos de años.Un día, un chico huerfano de la aldea Jiiha llamado Simón , encuentra un pequeño y brillante taladro mientras trabajaba cavando para expandir su aldea; al regresar de la excavación, Kamina, un tipo que cree en la existencia de la superficie, le persuade de que se una a su banda para atravesar el techo y abandonar la aldea. En ese momento se produce un terremoto y el techo se derrumba, causado por la caída de un enorme robot.Kamina ahora está seguro de que existe un mundo sin explorar encima de ellos y temerariamente empieza a enfrentarse al robot. En ese momento, un chica aparece desde la superficie con un rifle, su nombre es Yoko, ella había estado siguiendo al robot conocido como Ganmen. Es entonces cuando Simón decide enseñarles un descubrimiento que había hecho: un peculiar robot cuya cara es también su cuerpo, ahora llamado Lagann y que posteriormente se activaría con el taladro que Simón había encontrado.Tras vencer al Ganmen y subir a la superficie, descubren que estos son los causantes de los terremotos bajo tierra como lo que mataron a los padres de Simon, son robots controlados por Hombres Bestias que se dedican a aterrorizar a los humanos en la superficie, así que deciden iniciar un viaje para terminar la batalla entre humanos y hombres bestias.

¡Perfora el cielo con tu taladro! (cap 1)
¡He dicho que yo conduzco! (cap 2)
¡Dos-caras, no me subestimes! (cap 3)
¿Te crees muy bonito con tantas maquinas? (cap 4)
¡No lo entiendo en absoluto! (cap 5)
¡Necesitan unos baños termales! (cap 6)
¡Esto es lo que debes hacer! (cap 7)
Adiós, amigos (cap 8 )
¿Qué es una "persona"? (cap 9)
¿Quién es tu "hermano? (cap 10)
Simon, vámonos (cap 11)
Yoko, tengo que pedirte un favor (cap 12)
Acaben todo el plato (cap 13)
Saludos cordiales a todos (cap 14)
Yo tomaré el mañana (cap 15)
Episodio resumen (cap 16)
Tú no entiendes nada (cap 17)
Cuéntame los misterios de este mundo (cap 18 )
Debemos resistir como sea (cap 19)
Dios nos pondrá a prueba hasta el final (cap 20)
Tú eres alguien que debe vivir (cap 21)
Ese es mi último deber (cap 22)
¡Adelante! ¡Es la batalla final! (cap 23)
Cómo podria olvidar este minuto, este segundo (cap 24)
Acepto tu última voluntad (cap 25)
Adelante, amigos (cap 26)
Todas las luces del cielo son estrellas (cap 27)