Makoto Itou, un estudiante de preparatoria, se empieza a interesar en una chica que ve en el tren durante el camino a la escuela, Kotonoha Katsura, e incluso se las ingenia para sacarle una foto con su Móvil. Debido a cambios de sitio de los alumnos en su clase, él se termina sentando al lado de Sekai Saionji, quien al curiosear en el móvil de Makoto mientras hablaba con él, descubre su enamoramiento y decide ayudarlo hasta que Kotonoha Katsura acepte salir con él.Gracias a Sekai, Makoto finalmente le declara sus sentimientos a Kotonoha y esta le corresponde. Más tarde mientras Makoto esperaba a Kotonoha y Sekai esperaba su tren en la estación, èl le da las gracias a Sekai por haberlo ayudado con su relación con Kotonoha y le dice que se lo pagara, Sekai aprovecha el momento para robarle un beso a Makoto y le dice que con eso bastara.Debido a la indecisión de Makoto sobre sus sentimientos hacia Kotonoha y Sekai, empieza la historia de Drama y Romance "School Days".

Confesión (cap 1)
La distancia entre los dos (cap 2)
Pensamientos cruzados (cap 3)
Pureza (cap 4)
Olas (cap 5)
Relación revelada (cap 6)
Víspera del festival (cap 7)
El festival escolar (cap 8 )
Después de la noche del festival (cap 9)
Mente y cuerpo (cap 10)
Makoto es de todas (cap 11)
School Days (cap 12)
Magical Heart (OVA)
Día de San Valentín (OVA)
Final Aternativo