Varios años después de "El Gran Levantamiento", la gente tiene un poder, la capacidad de reconstruir, reformar y cristalizar la materia a nivel molecular utilizando el pensamiento único y la fuerza de voluntad. A esas personas se les conoce como usuarios "Alter". Sólo el 1% de las nuevas generaciones reciben éste poder especial, aunque este número aumenta constantemente a medida que avanza la serie, algunos sienten una superioridad sobre los seres humanos normales. Hay dos fuerzas opuestas de Alters: los Alters nativos, un grupo de usuarios Alter quienes viven afuera de la ciudad central y evitan cualquier relación con el gobierno y "HOLY", una organización de usuarios Alter que son una división de la organización "HOLD". HOLD funciona como fuerza de policía del gobierno continental en "Lost Ground", mientras HOLY, está compuesto exclusivamente de usuarios Alter, sirviendo como grupo de 'operaciones especiales', ayudando a HOLD en la realización de las misiones peligrosas que podrían requerir la ayuda de un usuario de Alter. Kazuma y Ryuhou son dos personajes de s-CRY-ed que tienen una rivalidad utilizada para conducir y centrar la trama. Ellos en la mayor parte de la serie intentan superar a su rival, incluso cuando se ven obligados a trabajar juntos. Nunca pueden olvidar su rivalidad. Sólo hay un narrador, Kanami. Kanami es una amiga íntima de Kazuma, quien la protege a ella y la trata como su hermana menor. Ella narra la serie con sus sueños, sin saberlo, usando su poder alter de 'Adivinar' (Scry) las emociones de la gente. Su habilidad para adentrarse en las emociones de los personajes principales se utiliza con frecuencia en toda la serie para conocer más a los personajes. La serie avanza a través de la introducción inicial de la potencia Alter, a una mayor comprensión de la política y la razón de "El Gran Levantamiento", éste fue causado por un evento parecido en un Universo Paralelo donde todas las criaturas son independientes de los Alters. Durante una de las batallas entre Ryuhou y Kazuma, ellos abren un portal hacia el universo paralelo, causando otro gran levantamiento y atrayendo la atención del gobierno continental. El continente envía un agente, Kyouji Mujo, a "Lost Ground" en un intento de aprovechar el poder del universo paralelo para obtener beneficios económicos. Mujo comienza a tener delirios de grandeza después de convertirse en la cabeza de el gobierno de "Lost Ground" y absorbiendo el ente de cristal de "el otro lado", agregándolo a su formidable poder Alter. Tanto él como la entidad de cristal son derrotados por los esfuerzos separados de Kazuma y Ryuhou. El continente intenta obtener el control sobre "Lost Ground" enviando un ejército de usuarios Alter, pero ellos son derrotados por Kazuma y Ryuhou. Un epílogo, años después, Kazuma y Ryuho se convierten en los protectores de "Lost Ground", defendiéndolo de los invasores del continente. Una Kanami mayor, quien tiene un poder total sobre su alter, espera su regreso.

Kazuma (cap 1)
Ryuhou (cap 2)
Holy (cap 3)
Big Magnum (cap 4)
Mimori Kiryu (cap 5)
Zetsuei (cap 6)
Asuka Tachibana (cap 7)
El escenario de la desgracia (cap 8 )
Shell Bullet (cap 9)
Super Pinch (cap 10)
Alters (cap 11)
Kimishima Kunihiko (cap 12)
Lost Ground (cap 13)
Kyoji Mujo (cap 14)
Solitario (cap 15)
Sou Kigetsuki (cap 16)
Ayase Terada (cap 17)
Straight Cougar (cap 18 )
Las 3 Hermanas Tokonatsu (cap 19)
Kanami Yuta (cap 20)
El Ojo De Holy (cap 21)
Martin Sigmar (cap 22)
Serrice Adjani (cap 23)
Puño (cap 24)
Nativo (cap 25)
Sueño (cap 26)