Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer llamada Saya Minatsuki que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo. Saya es asesinada por Creed, quien la llama bruja, pues hizo que Train dejara de ser un asesino. Al poco tiempo abandona Chronos. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente. Tiempo después Train se entera de que Creed está formando una alianza conocida como "Apostoles de las estrellas" cuyo objetivo es derrocar a Chronos. En ese momento decide ir tras Creed como un caza-recompensas y no como asesino.
