La historia comienza con Aono Tsukune, un chico de 15 años que asiste a la secundaria. Tsukune no obtuvo buenas calificaciones y se había resignado a repetir el año escolar. Al llegar a casa su mamá le entrega un extraño sobre. Según su padre, el sobre fue dejado por un misterioso sacerdote quien, casualmente, lo dejó caer mientras éste caminaba por la calle. De este modo Tsukune es inscrito para estudiar durante el verano en la Academia Youkai, un establecimiento distante para el cual, al parecer, sólo existe un bus escolar. De camino a la Academia el conductor del bus advierte a Tsukune que Youkai no es un lugar común. Para acceder a la Academia se debe atravesar un extraño túnel; Tsukune recibe una llamada pero la comunicación se corta en cuanto el bus atraviesa por el túnel.Al bajar del bus, Tsukune se percata de que el lugar tiene "algo" extraño y el mar tiene un tinte de color rojo. Con una nueva advertencia del conductor, Tsukune continúa su recorrido a pie atravesando por un extraño sendero, mezcla de bosque encantado y cementerio. Aquí tiene un percance con una chica preciosa de nombre Akashiya Moka la que luego, de un rato de disculpas y presentaciones, le cuenta que en realidad ella es un vampiro. Tsukune no lo cree, pero le sigue la corriente. Sin embargo, Tsukune descubre en su primer día de clases que la Academia Yökai es un instituto... ¡para monstruos y ningún humano es bienvenido!... sin embargo la Academia se creó para enseñarle a los monstruos a convivir con los humanos, además de las 2 reglas básicas del instituto: primero, todos los estudiantes, maestros y demás personal del instituto deben permanecer en su forma humana todo el tiempo a menos que estén en peligro, y segundo, nunca deben revelar su verdadera identidad a otro estudiante; Moka no sabía esta regla cuando reveló su identidad a Tsukune.Al principio Tsukune se asusta e intenta huir de la escuela, a lo que Moka intenta hacer lo posible por detenerlo. Finalmente, cuando estaba por irse, Tsukune siente que Moka se encuentra en peligro y va a ayudarla, y descubre la verdadera imagen de Moka transformada en vampiro. Después de mucho pensarlo Tsukune decide quedarse en esa escuela ya que ya ha hecho una amiga; así siguen las historias de Tsukune y Moka en la Academia Youkai, luchando contra enemigos, tratando de mantener en secreto la identidad humana de Tsukune. Pero luego aparecen tres chicas más, llamadas Kurono Kurumu, Sendo Yukari y Shirayuki Mizore que se enamoran de él. Tsukune tiene que enfrentarse a la Academia Youkai y a todos sus peligros.

Primer temporada:

Una nueva vida + vampiro (cap 1)
Succubus + vampiro (cap 2)
Bruja + vampiro (cap 3)
Adiós + vampiro (cap 4)
Trajes de baño + vampiro (cap 5)
Club del periódico + vampiro (cap 6)
Una yuki-onna + vampiro (cap 7)
Matemáticas + vampiro (cap 8 )
Vacaciones de verano + vampiro (cap 9)
Girasoles + vampiro (cap 10)
Nueva temporada escolar + vampiro (cap 11)
Comisión de seguridad + vampiro (cap 12)
Tsukune + vampiro (cap 13)

Segunda temporada:

Reunión + vampiro (cap 1)
Hermana menor + vampiro (cap 2)
Madre e hija + vampiro (cap 3)
Medidas corporales + vampiro (cap 4)
Curry + vampiro (cap 5)
Excursión + vampiro (cap 6)
Cuarto de baño + vampiro (cap 7)
Juventud + vampiro (cap 8 )
Esquí + vampiro (cap 9)
Chico apuesto + vampiro (cap 10)
Espejo de Lilith + vampiro (cap 11)
Un sello + vampiro (cap 12)
Una cruz, familia + vampiro (cap 13)