La historia de Neon Génesis Evangelion está basada en el año 2015, Neo Tokio-3 está siendo atacado por los Ángeles que pretenden acabar con la raza humana. Shinji Ikari es un chico de 14 años que ha sido elegido por su padre (jefe de la asociación NERV) junto a otras dos personas para pilotar los EVAS (Una especie de robots gigantes creados con el objetivo que combatir contra los Ángeles y así evitar que se produzca el tercer impacto).La llamada de su padre hace que Shinji Ikari se sienta utilizado, puesto que éste le había abandonado anteriormente.Los otros dos compañeros de Shinji Ikari empiezan a hacerse muchas preguntas acerca de los Ángeles y la asociación NERV, ya que no están muy seguros de sus verdaderas intenciones.
